Первый полет MD-90 совершил 22 февраля 1993 года. Самолет продолжает традиции семейства MD-80, отличаясь увеличенными размерами и большей экономичностью.
После слияния McDonnell Douglas и Boeing в 1997 году самолет был снят с производства сразу, как только были выполнены все поступившие ранее заказы.
MD-90 стал одним из предшественников Boeing 717.