Аэропорт Пуэрто-Армуэльяс обслуживает только внутренние рейсы. Регистрация пассажиров и оформление багажа для рейсов внутренних линий, как правило, начинается за 2 часа и завершается за 40 минут до времени вылета.
Чтобы зарегистрироваться на рейс в аэропорту, понадобятся билет и паспорт. Если пассажир приобрел электронный билет, для регистрации и посадки в самолет ему понадобится только паспорт.