Аэропорт Марискаль Эстигаррибия принимает как внутренние, так и международные рейсы. Регистрация пассажиров и оформление багажа для самолетов внутренних линий, как правило, начинается за 2 часа и завершается за 40 минут до вылета. У пассажиров международных линий регистрация начинается за 2 часа 30 минут и завершается за 40 минут до вылета.
Чтобы пройти регистрацию на рейс в аэропорту, надо предъявить билет и паспорт. Если пассажир приобрел электронный билет, для регистрации и посадки на рейс ему будет нужен только паспорт.