Аэропорт Бокас-дель-Торо обслуживает как внутренние, так и международные рейсы. Регистрация пассажиров и оформление багажа для самолетов внутренних линий обычно начинается за 2 часа и заканчивается за 40 минут до вылета. У пассажиров международных рейсов регистрация начинается за 2 часа 30 минут и заканчивается за 40 минут до вылета.
Чтобы пройти регистрацию на рейс в аэропорту, понадобятся билет и паспорт. Если пассажир приобрел электронный билет, для регистрации и посадки на рейс ему будет нужен только паспорт.