Аэропорт Котаколи обслуживает только внутренние рейсы. Регистрация пассажиров и оформление багажа для рейсов внутренних линий, как правило, начинается за 2 часа и завершается за 40 минут до вылета.
Чтобы зарегистрироваться на рейс в аэропорту, надо предъявить билет и паспорт. Если пассажир приобрел электронный билет, для регистрации и посадки в самолет ему понадобится только паспорт.