Аэропорт Агуаклара обслуживает только внутренние рейсы. Регистрация пассажиров и оформление багажа для самолетов внутренних линий обычно начинается за 2 часа и заканчивается за 40 минут до времени вылета.
Чтобы пройти регистрацию на рейс в аэропорту, понадобятся билет и паспорт. Если пассажир купил электронный билет, для регистрации и посадки на рейс ему будет нужен только паспорт.