Аэропорт Путумайо обслуживает только внутренние рейсы. Регистрация пассажиров и оформление багажа для рейсов внутренних линий, как правило, начинается за 2 часа и заканчивается за 40 минут до вылета.
Чтобы пройти регистрацию на рейс в аэропорту, понадобятся билет и паспорт. Если пассажир купил электронный билет, для регистрации и посадки в самолет ему понадобится только паспорт.